Universitas Mandala Waluya yang berada di bawah naungan Yayasan Mandala Waluya (Yayasan-MW) Kendari sebagai Badan Penyelenggara. Perguruan Tinggi, merupakan penggabungan Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan (STIKES) Mandala Waluya Kendari dengan Akademi Kesehatan Lingkungan (AKL) Mandala Waluya Kendari. Penggabungan kedua Institusi Pendidikan ini dimaksudkan untuk meningkatkan kualitas pendidikan dan daya saing dalam menghadapi persaingan global di dunia pendidikan.
Sekedar untuk melawan lupa, Yayasan MW (waktu itu masih Bernama Yayasan HAKLI Sultra pertama kali mendirikan Akademi Penilik Kesehatan Mandala Waluya (APK-MW). APK-MW didirikan berdasarkan keputusan Menteri Kesehatan R.I. No. HK.00.06.1541 tanggal 17 Juni 1991 tentang Izin Sementara kepada Yayasan HAKLI Sultra untuk mendirikan APK Mandala Waluya Sultra.APK-MW Sultra mengusung visi “Menjadi Pusat Studi Sanitasi Lingkungan di Sulawesi Tenggara”.
Selanjutnya, dengan semakin tingginya tuntutan masyarakat akan jenjang pendidikan tinggi khususnya S1 di bidang kesehatan, berimbas pada semakin menurunnya jumlah mahasiswa yang berminat untuk masuk ke AKL-MW. Hal ini menjadi tantangan bagi Yayasan MW untuk mendirikan program S1 Kesehatan. Pengurusan pendirian STIKES-MW mulai dirintis oleh Pengurus Yayasan HAKLI periode 1998-2001 dengan mengajukan permohonan mendirikan Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Masyarakat (STIKM) ke Kopertis Wilayah IX Wilayah Sulawesi di Makassar dengan surat No. 003/Y-HAKLI/ 2000 tgl. 27 Mei 2000. Kemudian, nama STIKM tersebut berubah pada usulan selanjutnya menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan (STIKES) Mandala Waluya Kendari yang diajukan kepada Direktur Perguruan Tinggi Swasta Ditjen Dikti Depdiknas R.I. dengan surat No. 015/Y-HAKLI/2001 tgl. 12 Maret 2001. Pada tanggal 03 Juli 2001, terbit Surat Pertimbangan untuk Pendirian STIKES-MW Kendari dengan 2 program studi, masing-masing Kesehatan Masyarakat dan Ilmu Keperawatan. Selanjutnya, pada tanggal 03 Juli 2003 dengan surat Pengurus Yayasan HAKLI Nomor 006/Y-HAKLI/2003, diajukan usulan beserta semua dokumen kelengkapan persyaratannya untuk mendapatkan Persetujuan Pendirian STIKES-MW Kendari. Tapi ternyata usulan tersebut belum memenuhi syarat sehingga prosesnya tertunda. Tapi berkat bantuan dari berbagai pihak maka pada tanggal 30 Januari 2006, terbitlah surat Nomor 0143/D2.2/2006 tentang Pertimbangan untuk Pembukaan Program-program Studi dan Pembukaan STIKES Mandala Waluya Kendari. Tetapi izin operasional pendirian STIKES-MW tidak kunjung terbit karena masih ada lagi masalah yang dihadapi. Setelah melalui perjuangan berat yang panjang dan melelahkan dan setelah adanya dukungan dari Badan PPSDM Depkes R.I., maka pada tanggal 03 Maret 2006 maka terbitlah Keputusan Menteri Pendidikan Nasional R.I. No. 29/D/O/2006 tgl. 03 Maret 2006 tentang Pemberian Izin penyeleng-garaan Program-program Studi dan pendirian Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan (STIKES) Mandala Waluya Kendari yang diselenggarakan oleh Yayasan HAKLI Sultra di Kendari.STIKES-MW Kendari mengusung visi “Menjadi Perguruan Tinggi Terdepan di Sulawesi Tenggara”
Setelah terbitnya UU Yayasan Nomor 16 Tahun 2001 yang telah diubah dengan UU Nomor 28 Tahun 2004, nama nama Yayasan HAKLI Sultra diubah menjadi Yayasan Mandala Waluya Kendari. Perubahan ini termuat dalam Akte Notaris No. 96 Tanggal 15 Juni 2010, yang mendapat Pengesahan Yayasan dengan keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor AHU. 4152.AH.01.04 Tahun 2010 pada tanggal 08 Oktober 2010.
Dengan semakin pesatnya kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi, dan semakin tingginya tuntutan globalisasi di bidang pendidikan, maka pada tanggal 14 November 2018 muncul gagasan untuk meningkatkan status STIKES-MW menjadi Institut Ilmu Kesehataan Mandala Waluya, sedangkan AKL ditingkatkan menjadi Politeknik Kesehatan Lingkungan Mandala Waluya. Pada saat yang sama Kepala LLDIKTI-9 Sultan Batara (Prof. Jasruddin) justru mendorong Yayasan Mandala Waluya Kendari untuk mendirikan Universitas dengan menggabungkan STIKES-MW dengan AKL-MW. Karena itu, pada tanggal 05 Desember 2018 Tim Pendirian Universitas Mandala Waluya menemui Kepala LLDIKTI-9 Sultan Batara di Makassar. Selanjutnya, pada tanggal 04 Februari 2019 dilakukan presentasi di Kantor LLDIKTI-9 Sultan Batara di Makassar, tentang kelayakan rencana berdirinya Universitas Mandala Waluya. Lalu, pada tanggal 11 Februari 2019 terbit Rekomendasi LLDIKTI-9 tentang Pendirian Universitas Mandala Waluya. Tanggal 15 Februari 2019 diajukan permintaan Akun ke Ditjen DIKTI Kemendikbud R.I. Setelah Akun diberikan oleh Ditjen Dikti maka dilakukan Upload Pertama Dokumen Usulan ke protal Silemkarma Ditjen Dikti. Hasil penilaian Tim Asesor meminta untuk dilakukan perbaikan dan melengkapi usulan. Upload perbaikan dokumen dilakukan sebanyak 5 kali, dan yang terakhir pada upload yang kelima tanggal 16 Maret 2020. Pada tanggal 01 Juli 2020 dilakukan presentasi dan visitasi secara virual.
Pada tanggal 09 November 2020 terbitlah Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor : 988/M/2020 tahun 2020 tentang Izin Penggabungan Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Mandala Waluya di Kota Kendari dan Akademi Kesehatan Lingkungan Mandala Waluya di Kota Kendari menjadi Universitas Mandala Waluya di Kota Kendari yang diselenggarakan oleh Yayasan Mandala Waluya Kendari. Dalam keputusan tersebut disebutkan bahwa Universitas Mandala Waluya menyelenggarakan program studi: (a) Kesehatan Masyarakat Program Magister; (b) Profesi Ners Program Profesi; (c) Farmasi Program Sarjana; (d) Ilmu Keperawatan Program Sarjana; (e) Kesehatan Masyarakat Program Sarjana; (f) Teknologi Laboratorium Medis Program Sarjana; (g) Teknologi Elektro-Medis Program Diploma Tiga; (h) Kesehatan Lingkungan (Sanitasi) Program Diploma Tiga; (i) Kewirausahaan Program Sarjana; dan (j) Psikologi Program Sarjana. Berdirinya Universitas Mandala diresmikan pada tanggal 24 November 2020 oleh Kepala LLDIKTI-9 Sultan Batara (Prof. Jasruddin). Universitas Mandala Waluya mengusung visi: Unggul, Kompetitif dan Sustainabel.
